玉髓和玛瑙同属于石英质玉石，玉髓属于含水石英的隐性晶体，和水晶十分接近，玻璃到油脂光泽，通透感极强，但玛瑙却是脱水二氧化硅的胶凝体，具玻璃光泽，通透稍逊与玉髓。
在市场上，人们把只有一种颜色并且透明的这种矿物称作玉髓，而多种颜色且有条带的称作玛瑙。简单来说就是玛瑙是有条纹的玉髓。
玛瑙是石英的变种，是由二氧化硅沉积而成的隐晶质石英的一种。从切开的剖面可以看到由灰、白、红、绿、淡褐、淡蓝等多种不同颜色组成的同心圆状、波纹状、层状或平行条带状。
俗有“千种玛瑙万种玉”之说。宝石界将其中具有同心层状和不规则纹带、缠丝构造的隐晶质块体石英称玛瑙。
成分上区分
1、隐晶质石英质玉石：玉髓、玛瑙、碧玉（这里说的碧玉可是一种含杂质的玉髓，不是软玉类的那个碧玉啊，可别会错意了）。
2、多晶质石英质玉石：东陵石、密玉、贵翠。
3、二氧化硅交代的玉石：木变石（鹰睛石、虎睛石）、硅化木。
而玛瑙、玉髓、石英岩、东陵石、虎眼石等，因为主要成分为石英，又都是集合体，所以可以统一的称为“石英质玉石”。
结构上的区别
1.物理结构
玉髓与玛瑙虽然同属于石英的一种，但是因为各自的形成条件不同，所以内部结构也截然不同。
玉髓属于含水石英的隐性晶体，和水晶十分接近，带有玻璃光泽，通透感极强，但玛瑙却是脱水二氧化硅的胶凝体，具有蜡样光泽，通透性稍逊玉髓。
2.晶体构造
玉髓是隐晶质集合体，内部分子微小，肉眼观察不到，所以十分细腻。玛瑙是经常混有蛋白石和隐晶质石英的纹带状块体，常见的为同心圆构造，内部物质通常呈条带状、同心环状、云雾状或树枝状分布。
3.条纹
玛瑙和玉髓最基本的区别就是外表的条带状纹路，我们可以通过这个特征轻松的鉴别玛瑙与玉髓。玛瑙的条带状纹路十分明显，色彩相当有层次。
玉髓的颜色比较单一，即使有颜色混杂的情况，两种颜色的分割线也不是很明显，不会出现明显条带状纹路。
